.bashrc と .bash_profile との違いはここに。http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/168bpronrc.html

.bash_profileは、ログイン時だけに実行される設定ファイルだ。ここでは、環境変数の設定などが行われる(内容はディストリビューションによって異なる)。
 .bashrcは、ログイン時に.bash_profileから読み込まれるという形で実行されるが、別のシェルが起動したときにも実行される。例えば、ログイン後にstartxコマンドでX Winodw Systemを起動し、ktermを実行したときも.bashrcは実行されることになる。

ちなみに、/etc/profileにはシステム全体としての設定が書かれているらしい。rootと個人ユーザの両方で使いたいaliasなんかはどこに書くのがいいのだろうか?サーバとして公開しないなら/etc/profileでもいいのかな?